Nacionālais botāniskais dārzs ar Latvijas vides aizsardzības fondu (LVAF) sadarbojas jau sesto gadu projekta „Latvijas izzūdošo sugu bankas veidošana in vitro un kultivēšanai problemātisku taksonu detalizētāka izpēte" ietvaros. LVAF ilglaicīgais finansiālais atbalsts šim projektam ir ļāvis veidot Latvijas reto augu sugu gēnu banku un aprobēt pavairošanas metodes ilgākā laika posmā. Pašlaik Audu kultūru nodaļā ir veikti pētījumi par 24 retām un aizsargājamām augu sugām.

Ar 2007.gadu ir būtiski palielinājies LVAF finansiāli atbalstīto projektu skaits - tika atbalstīti 10 projekti - gan pētījumi, gan aparatūras un dažāda veida tehnikas iegāde, gan arī infrastruktūras sakārtošana un teritorijas labiekārtošana.

2008.gadā LVAF atbalsta šādus projektus:

• „NBD informatīvās sistēmas izveide. Otrā kārta" - tiek veidota augu izziņas taka „Lielais loks"
• „Latvijas izzūdošo sugu bankas veidošana in vitro un kultivēšanai problemātisku taksonu detalizētāka izpēte".
• "NBD gerberu kolekcijas minerālās barošanas optimizēšana" - tiek meklēts piemērotākais mēslošanas veids, lai saglabātu kvalitatīvu gerberu genofongu.
• "NBD ekspozīciju atjaunošana, kolekciju papildināšana, to uzturēšanai nepieciešamais aprīkojums" - tiek atjaunots ēriku dzimtas un Tālo Austrumu savvaļas augu kolekcijas nožogojums un rekonstruēta ekspozīcija. Turpinās Latvijas izcelsmes dekoratīvo un pārtikas augu genofonda pilnveidošana - rododendru kolekcija šogad papildināta ar 24 šķirnēm. Latvijas Universitātes Rododendru selekcijas un izmēģinājumu audzētavā „Babīte" iegādātas 18 vietējās selekcijas rododendru šķirnes, vēl sešas saņemtas kā šīs audzētavas un rododendru selekcionāra, akadēmiķa Riharda Kondratoviča dāvinājums Nacionālajam botāniskajam dārzam. No Latvijas dāliju selekcionāra A.Baroniņa iegādātas 70 jaunas, pārsvarā Latvijas selekcijas, dāliju šķirnes.
• "Nacionālā Botāniskā dārza sukulentu kolekcijas siltumnīcas uzturēšanas un apskates apstākļu uzlabošana".
• „Vietējās izcelsmes mutanto skujkoku kolekcijas papildināšana". Ar LVAF sniegto finansiālo atbalstu tiek rīkotas ekspedīcijas, lai ievāktu skujkoku mutanto formu - raganu slotu paraugus un papildinātu NBD skujkoku kolekciju.