1836. gadā izveidoja Kristiāna Vilhelma Šoha dārzkopības firmu ar sēklu tirgotavu Rīgā un stādaudzētavām Ganību dambī, kur meklējami Botāniskā dārza pirmsākumi. Stādaudzētavas apmēriem pieaugot, to 1898. gadā pārcela uz Salaspili. K.V.Šoha firma ieveda stādus no Rietumeiropas, t.sk. arī no slavenās L.Špēta firmas Berlīnē. Pirms Pirmā pasaules kara no Salaspils kokaudzētavām ik gadus pārdeva 50-60 tukstošus augļu koku, ka arī daudz krāšņumaugu gan Latvijā, gan Krievijas Eiropas daļā. Neatkarīgās Latvijas laikā gan platības, gan augu daudzveidības ziņā kokaudzētava Salaspilī bija lielākā Baltijas valstīs.

Pirms Otrā pasaules kara beigām, 1944.gadā, Salaspilī izveidoja Valsts Augļu koku un ogulāju izmēģinājumu audzētavu (1947. gadā to pārdevēja par Dārzkopības izmēģinājumu staciju), kur plaši audzēja arī krāšņumaugus.

Pēc Latvijas zinātnieku – profesora P.Galenieka, A.Kalniņa un J.Sudraba un akadēmiķa A.Ozola ierosmes, 1956. gada 1.septembrī Salaspilī nodibināts Zinātņu akadēmijas Botāniskais dārzs, izmantojot audzētavās esošās bagātās augu kolekcijas (vairāk nekā 2000 augu dažādību), pārmantojot arī uzkrātās dārzkopības tradīcijas. Kopējā dārza platība tolaik bija 198 ha (tagad 126 ha).

Botānisko dārzu dibinot, tika noteikti ta galvenie uzdevumi: pētījumi botānikā, dekoratīvajā dārzkopībā, apstādījumu veidošanā, augu introdukcijā, ģenētikā, selekcijā, ka arī pētījumu popularizēšana. 1968. gadā Dārzam piešķīra zinātniskās petniecības institūta statusu.

1992. gadā, Latvijai atgūstot neatkarību, Botaniskajam dārzam piešķīra Nacionālā Botāniskā dārza statusu, ar likumu atzīstot to par valsts nozīmes izglītības, kultūras un zinātnes objektu.

Botāniskā dārza direktori: Artūrs Mauriņš, dr.hab.biol., 1956-1958.g; Ilmārs Zunde, lauks. zin. kand., 1958.-1967., Viktors Ozolinš, 1967.-1980., Andris Zvirgzds, dr.biol.h.c., 1980.-1992., Kārlis Buivids, dr.biol., 1992.-2002., Ģederts Ieviņš, dr.hab.biol., 2002.-2006., Andrejs Svilāns - kopš 2006. gada septembra.