1836. gadā uzņēmīgs dārznieks Kristiāns Vilhelms Šohs izveidoja dārzkopības firmu ar sēklu tirgotavu Rīgā un stādaudzētavām Ganību dambī. Firmas darbībai aizvien paplašinoties pārdoto stādu apjoms pieauga tiktāl, ka stādaudzētavu 1898. gadā pārcela uz izdevīgāku vietu - Salaspili. Tur arī rodami Botāniskā dārza pirmsākumi. 

   K.V.Šoha firma iepirka sēklas un stādus pavairošanai no Rietumeiropas, t.sk. arī no slavenās L.Špēta firmas Berlīnē. Pirms Pirmā pasaules kara no Salaspils kokaudzētavām ik gadus pārdeva 50-60 tūkstošus augļu koku, kā arī daudz krāšņumaugu gan Latvijā, gan Krievijas Eiropas daļā. Neatkarīgās Latvijas laikā gan platības, gan augu daudzveidības ziņā kokaudzētava Salaspilī bija lielākā Baltijas valstīs.

   Pirms Otrā pasaules kara beigām, 1944. gadā, stādaudzētava tika nacionalizēta un Salaspilī izveidoja Valsts Augļu koku un ogulāju izmēģinājumu audzētavu (1947. gadā to pārdevēja par Dārzkopības izmēģinājumu staciju). Tā pārmantoja Šoha firmas iestrādnes un bagātīgo pieredzi, plaši audzēja ne vien augļu kokus un ogulājus, bet arī krāšņumaugus.

   1956. gada 1. septembrī pēc Latvijas zinātnieku – profesora P.Galenieka, A.Kalniņa, J.Sudraba un akadēmiķa A.Ozola ierosmes,  Salaspilī tika nodibināts Zinātņu akadēmijas Botāniskais dārzs. Par tā pamatu kalpoja audzētavu bagātās augu kolekcijas (vairāk nekā 2000 augu dažādību). Kopējā dārza platība tolaik bija 198 ha (tagad 126 ha).

   Botānisko dārzu dibinot, tika noteikti tā galvenie uzdevumi: pētījumi botānikā, dekoratīvajā dārzkopībā, apstādījumu veidošanā, augu introdukcijā, ģenētikā, selekcijā, ka arī pētījumu popularizēšana. 1968. gadā Dārzam piešķīra zinātniskās pētniecības institūta statusu.

   1992. gadā, Latvijai atgūstot neatkarību, Botaniskajam dārzam piešķīra Nacionālā Botāniskā dārza statusu, ar likumu atzīstot to par valsts nozīmes izglītības, kultūras un zinātnes objektu.

   Botāniskā dārza direktori:

Artūrs Mauriņš, dr.hab.biol., 1956-1958.g

Ilmārs Zunde, lauks. zin. kand., 1958.-1967.

Viktors Ozoliņš, 1967.-1980.

Andris Zvirgzds, dr.biol.h.c., 1980.-1992.

Kārlis Buivids, dr.biol., 1992.-2002.

Ģederts Ieviņš, dr.hab.biol., 2002.-2006.

Andrejs Svilāns - kopš 2006. gada septembra